《圖經本草》在繼承古代醫藥學傳統的基礎上，進一步進行發揮。書中一般首先引述《神農本草經》或者《名醫別錄》等經典著作中藥材的產地、形態、性狀、收采時節、炮製方法、主治功用等內容，再詳細敘述當代出產這種藥物的軍州郡府的名稱，還對各地的產品進行比較。這種發揮對於考察漢代到宋代中藥材產地的變遷和北宋中葉地道藥材、生態學等都有重要的意義。
書中對藥物基原和原植物的鑒別和描述，也做出了重要的貢獻。它對每一種藥用植物，一般按照苗、莖、葉、花、果、實、根的順序記載，還對花萼、子房、種子的形態都有不同的描述。作者對陶弘景的《本草經集注》和唐代的《新修本草》中一些常用的植物葯，譬如術、白前、石韋（叢生，蔓延石上，生葉如皮，故名。亦名金星草，生於瓦屋上者名韋）、連翹（本名連，又名異翹。有小翹、大翹之分。以實似蓮作房，翹出眾草而名，根、莖、實入葯）、澤泄、使君子（又名留求子。花可觀賞，果仁供藥用，作驅蟲劑）、茵陳蒿、桔梗等多種植物在內的常用藥，用比較研究的方法，做了深入的探討。作者特別注意那些外形相似實際上是不同品種的植物和同一植物葯的不同品種的比較。這種方法，被以後的中醫藥學家所推崇和採用，直到現在仍然有它的實際意義。書中所用的一些植物形態術語，都是很科學的。如對莖的生長狀態，描述纏繞莖是：「苗如絲綜，蔓延草木之上」；描述攀緣莖是：「苗蔓延木上」，描述匍匐莖是：「布地蔓生」；描述直立莖是：「獨立而長」；對植物葉的著生部位，用『葉作叢」來描述叢生葉；用「四葉相對而生」來描述輪生葉；用「兩兩 相當」、「兩兩 相對於節」來描述生葉。
《圖經本草》對於藥物炮製，給予了足夠的注意。中藥的炮製是一門專門學問，南北朝時期開始有炮製專著。由於中藥本身的性質，它的炮製內容早已超出狹義的中藥炮製了。譬如書中提到的當時海鹽、山鹽、大鹽、戎鹽、石鹽、青鹽、光明鹽、綠鹽等各種食鹽的製備過程，對了解當時的製鹽工藝具有重要的參考意義。再如制茯苓酥法，漢中乾薑法，蜀人稀薟丸法等等，對後來的藥物炮製也有啟發性意義。
《圖經本草》還提供了十分寶貴的文獻資料。在校正醫書所參加實際編纂工作時，因工作需要，徵集了大量的醫書，其中有不少寶貴的珍本、善本，還有一些其他類的好書。中醫藥學具有博物學的性質，從事中醫藥學需要參考大量的醫書和其它的有關著作。作者利用自己的有利條件，在《圖經本草》中緝錄了一些已佚的重要醫方書，保存了一些重要的醫學文獻，具有珍貴的文獻學價值。譬如：書中引用了相當一部分漢晉隋唐各代的醫方，如在人蔘條下，引用了漢代張仲景治療胸(175)症的理中湯，南北朝胡洽治療霍亂的溫中湯、四順湯等。四順湯在晉葛洪《抱朴子》和唐王燾《外台秘要》所引的《小品方》中都有記載，說明它在六朝時對治療霍亂有很重要的作用。
書中十分重視藥物的實用性，把藥物和方劑緊密地結合在一起。在《圖經本草》問世以前，雖然六朝和唐代的方書很多，也有一些重要的醫藥著作，但是，藥物和方劑著作是分別著成的，還沒有出現這兩項內容結合在一起的著作，《圖經本草》是最早把醫藥著作與方劑放在同一部書中敘述的醫家。在每一種藥物的最後，基本上都附上用這種葯為主要成分的方劑，譬如在蒼八桔梗一味的最後，附上《古今錄驗方》療卒中蠱下血如雞肝者，用桔梗搗成屑，用酒送服一方寸七。還引《集驗方》療肺癰，用桔梗、甘草各二兩 ，用水三升 ，煮取一升 ，分再服。再如吳茱萸一葯的最後，附上方劑三首，有張仲景治嘔而胸滿者，用茱萸湯、吳茱萸一升 ，棗二十枚，生薑一大兩，人蔘一兩 ，用水五升 煮取三升 ，每服七合，日三次；《姚僧垣方》治大小便突然不通順，取吳茱萸南行枝，取一節如食指中節長，含口中，即可通順；《刪繁方》治療脾勞熱，脾中有白蟲，病人頻頻噁心嘔吐，用東行茱萸根一尺，大麻子八升 ，桔皮二兩 ，用酒一斗浸一夜，再用微火煨暖，然後於清晨飲湯，蟲便可打下，或死或半爛。這兩味藥引用的《古今錄驗方》、《集驗方》、《姚僧垣方》、《刪繁方》等方書，都是六朝和隋唐時期的重要方書，並已經全部散佚。書中輯錄的這些方劑，每方大多包括病因、病位、癥候、病程、預后及處方、製劑方法、服法、療效等內容，為後世保存了大量寶貴的醫藥資料。《圖經本草》開創的這種以葯帶方的醫藥學體例，被以後的醫藥學家所繼承。譬如明代的李時珍就受到《圖經本草》的影響，在他撰寫的《本草綱目》中，每味葯之後，都以「附方」為目，詳列有關的方劑。
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